Im Allgemeinen haben Zwischenfrüchte positive Auswirkungen auf die Bodenstruktur, die Bodenerosion, die Reduzierung der Nährstoffauswaschung, die Unkrautbekämpfung und die Versorgung des Bodenmikrobioms. Einige Arten, die als Zwischenfrüchte verwendet werden, können auch Nährstoffe binden (Stickstoff durch Leguminosen) oder Nährstoffe besser freisetzen (Phosphor durch Buchweizen). Als Gründünger verwendet, helfen sie auch, Kohlenstoff zu binden. Da Zwischenfrüchte zu verschiedenen Pflanzengruppen (Familien) gehören, müssen sie als Förderer oder Hemmer für bodenbedingte Krankheiten und Nematoden gezielt ausgewählt werden. Die Verfügbarkeit von Wasser und klimatische Bedingungen sind ebenfalls Kriterien, die den Einsatz bestimmter Pflanzen bestimmen.